Stereo mikroskoplar, "3D" nesneleri görüntülemek için diğer ışık mikroskoplarından ayrılmıştır. Bunlar, böcekler, tüyler, yapraklar, taşlar, kum taneleri, değerli taşlar, madeni paralar ve pullar gibi büyük örnekleri içerir. İşlevsel olarak, bir stereo mikroskop güçlü bir büyüteç gibidir. Düz bir görüntü sunan bileşik mikroskopun aksine, stereo mikroskoplar, daha büyük bir örneğin dokusunu görebileceğiniz 3 boyutlu bir görüntü sağlar.