Stereo mikroskoplar, “3D” nesneleri görüntülemek için diğer ışık mikroskoplarından dallanır. Bunlar, böcekler, tüyler, yapraklar, taşlar, kum tahılları, taşlar, paralar ve damgalar vb. gibi önemli örnekleri içerir. Fonksiyonel olarak, bir stereo mikroskop güçlü bir büyütme camı gibidir. Düz bir görüntü sunan bileşik bir mikroskobun aksine, stereo mikroskoplar izleyiciye daha büyük bir örneğin dokusunu görebileceğiniz 3 boyutlu bir görüntü verir.